Как сообщалось в пресс-релизе Генпрокуратуры РФ, Вячеслав Шимкевич, занимая в 2005 году пост топ-менеджера в «Томскнефти ВНК», заключил ряд фиктивных договоров о продаже нефти, добытой «дочкой» ЮКОСа, с самарским ООО «Рекма В.Г.». По данным следствия, нефть самарской компании продавалась по цене на 20% ниже рыночной. Полученную от томской компании нефть «Рекма» перепродала своим контрагентам уже по реальной стоимости. В результате «Томскнефть» понесла ущерб на сумму более 1,5 миллиарда рублей. Эти средства Вячеслав Шимкевич и директор «Томскнефти ВНК» Наталья Коновалова впоследствии обналичили и использовали по собственному усмотрению. Коновалова была экстрадирована в Россию в ноябре 2015 года.
Напомним, еще в ноябре 2013 года 66-летний Вячеслав Шимкевич и 37-летняя Наталья Коновалова были признаны виновными в пособничестве и растрате, совершенными лицом с использованием своего служебного положения, организованной группой в особо крупном размере, отмывании денежных средств. И Шимкевич, и Коновалова были приговорены к лишению свободы на 5 лет каждый в исправительной колонии общего режима. Однако поскольку с 2008 года Вячеслав Шимкевич находился в бегах, привлечь его к ответственности было невозможно. Топ-менеджера объявили в федеральный, а потом и в международный розыск. Позже следователи установили, что он находится на Кипре, и в апреле 2009 года Генпрокуратура направила запрос о его выдаче. Однако в 2012 году Окружной суд Ларнаки отказал в экстрадиции подозреваемого. Прокуратура Кипра обжаловала это решение по просьбе российской стороны, и 30 марта 2017 года Верховный суд республики принял решение о выдаче Шимкевича. 26 апреля он был депортирован в Россию и в ближайшее время должен быть этапирован в колонию. Впрочем, вполне возможно, у преступления истекли сроки давности и задержаться в местах лишения свободы ему не придется.
Параллельно с уголовным делом против Вячеслава Шимкевича расследовалось дело его брата, Сергея Шимкевича. В 2005 года организатору преступной группы, бывшему руководителю дочерней компании «ЮКОСа», ОАО «Томскнефть ВНК», Сергею Шимкевичу предъявили обвинение в незаконной предпринимательской деятельности. Речь шла в превышении квоты на добычу нефти с период с 2000 по 2004 годы. В результате, по данным прокуратуры, доход от незаконной предпринимательской деятельности «Томскнефти» составил около 7 миллиардов рублей. Речь шла о фиктивных сделках с ценными бумагами различных компаний, в том числе с нарушением установленного в НК «ЮКОС» и ее дочерних компаниях регламента совершения финансовых операций. В результате на счет московского филиала НБ «Траст» были перечислены незаконно изъятые у «Томскнефть ВНК» 5,93 млрд рублей.
18 января 2007 года Басманный суд Москвы арестовал Шимкевича, который тогда был депутатом Думы Томской области, удовлетворив ходатайство Генпрокуратуры РФ об избрании в его отношении меры пресечения в виде заключения под стражу. Его дело расследовалось три года. В марте 2010 года Сергей Шимкевич был приговорен к 12 годам лишения свободы в колонии строгого режима за мошенничество, присвоение и растрату средств. В апреле 2011 года Дорогомиловский суд Москвы с учетом первого приговора увеличил Шимкевичу срок отбывания наказания до 13 лет. При этом адвокаты называли обвинения в адрес Шимкевича несостоятельными в силу того, что в 2003 году уже шло преследование по делу ЮКОСа, и Шимкевич не был заинтересован в банкротстве компании. В июне 2013 года Сергей Шимкевич был условно-досрочно освобожден из колонии и вышел на свободу, отсидев 8 лет. В местах лишения свободы он зарекомендовал себя с положительной стороны.
