В частности со стороны защиты были допрошены как свидетели бывший сотрудник ОАО «Томскдорстрой» Павел Новоселов, и нынешний начальник департамента финансов администрации г. Томска Ирина Ярцева. Павел Новоселов в 2011-2014 году работал в «Томскдорстрое» мастером и принимал участие в ремонте Московского тракта. На суде он заявил, что никаких претензий по качеству к ремонту на тот момент не возникало, все недочеты исправляли буквально по ходу. Все работы по ремонту и укладке асфальта вовремя документировались и контролировались сотрудниками мэрии Томска.
Начальник департамента финансов Томска Ирина Ярцева пояснила, что субсидии, которые выделялись подрядчику за ремонт Московского тракта, были заранее заложены в бюджете администрации Томска. Согласно ее показаниям, на тот момент получение субсидий за понесенные ранее затраты при подтверждении выполненных работ были нормой.
-На тот момент, это 2010-2011 год, в бюджетном кодексе существовала единственная возможность предоставления субсидий юридическим лицам – это возмещение уже произведенных затрат. Сейчас появилась более широкая формулировка, но тогда она была однозначно такова, - заявила на суде Ирина Ярцева.
По ее словам существовало два пути возмещения средств – подача исков в суд, или возмещение затрата на работы в рабочем порядке. Однако Николай Николайчук с подачи Вячеслава Черноуса, тогдашнего директора Департамента городского хозяйства, «посоветовал» руководителям фирмы обратиться именно в суд, так как для возмещения затрата на работы. Поскольку для расчета в обычном порядке фирме не хватало некоторых документов. Вообще если послушать выступление Ирины Ярцевой в суде, то создается впечатление что практика «раздачи подрядов» на ремонт дорог и ремонт объектов социальной сферы без конкурса в угоду лишь некоторым лицам, была очень распространенной практикой при Николае Николайчуке. Более того, она, к сожалению, продолжилась впоследствии, и продолжается по настоящее время. Наиболее известные и скандальные примеры с компаниями ООО «Братство», и ООО «Томскремстройпроект». Не смотря на это, Ирина Ярцева всячески выгораживала своего бывшего «босса» в суде и во всем с ним соглашалась. Хотя, казалось бы, именно ответственного за городские финансы специалиста все вскрывшиеся факты должны были возмущать больше остальных.
Между тем, по данным следствия, с мая 2011 года по апрель 2012 экс-мэр, отлично зная об отсутствии бюджетных денег, дал указание организовать подписание документов о приемке работы, для того чтобы компания могла обратиться в арбитражный суд и получить средства из бюджета . В результате всего этого компания «Томскдорстрой» обратился в суд и взыскала с бюджета в пользу компании с 36,8 млн. рублей.