Общая площадь объединённого заповедника превышает 1 миллион гектаров, из них около 500 тысяч гектаров расположены в Томской области. До конца 2018 года в штат федерального учреждения будут приняты 18 государственных инспекторов, в чьи обязанности будет входить охрана территории, по девять сотрудников на Новосибирскую и Томскую области. На территории заповедника будут запрещены промышленные разработки, населению нельзя будет охотиться, рыбачить, собирать грибы и ягоды. В этом месте планируется создание сети туристических маршрутов, чтобы при покупке путевки на посещение маршрута, любой желающий мог увидеть уникальную природу Васюганских болот.
Среди первоочередных задач при обустройстве заповедника - проведение землеустроительных работы, согласование кадастровых документов, перевод земель из сельхозназначения в статус особо охраняемых, межевание территории. Специалистам необходимо будет провести инвентаризацию биоразнообразия, перепись живой природы, которая позволит количественно уточнить состав флоры и фауны, все это займет более года. Помимо решения земельных и охранных вопросов, предстоит также выбрать символ Васюганского заповедника.
О необходимости сохранения Васюганского болота совсем недавно говорил и губернатор Томской области Сергей Жвачкин, презентуя регион европейским послам.
-У нас колоссальные запасы пресной воды, - заявлял губернатор, - если Финляндию называют «страной тысячи озер», то у нас их 113 тысяч. Наше экологическое богатство — это и крупнейшее в мире Васюганское болото. Оно хранит огромные запасы пресной воды, является родным домом для многих птиц, занесенных в Красную книгу. Мировые эксперты доказали уникальную роль Васюганского болота как «легких планеты», и это сделало Томск центром больших научных проектов по изучению климата».
Напомним, идея создания заповедника на базе Васюганского заказника была высказана еще в 2010 году, тогда со стороны областной администрации было направлено письмо в адрес тогдашнего министра природных ресурсов Юрия Трутнева. И вот, только через 8 лет правительством России было наконец-то принято решение о создании полноценной природоохранной зоны в этом месте. Большое Васюганское болото является уникальной природной экосистемой верховых болот, имеющая общепланетарное значение, поскольку снижает концентрацию углекислого газа и других парниковых газов в атмосфере. На территории болота имеются ландшафты в первозданном состоянии, где обитают редкие и исчезающие виды растений и животных, занесенных в Красную книгу РФ (орлан-белохвост, скопа, беркут, серый сорокопут и других), а также большого количества охотничьих животных. На Васюганском болоте находятся истоки более 20 рек, это стратегическое хранилище пресной воды (400 куб. км.) и большой природный фильтр, поглощающий загрязнители атмосферы, в том числе токсичные.
Сохранению Васюганского болота, внесенного в список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО, в настоящее время серьёзно угрожают нефтедобывающие компании, которые ведут на его территории разведку и добычу нефти, что серьезно загрязняет окружающую среду.