Владимир Перельмутер окончил Томский медицинский институт в 1970 году. После окончания вуза начал работать в прозектуре Томского онкодиспансера. Уже имея за плечами большой опыт работы, защитил кандидатскую диссертацию в ученом совете Новосибирского медицинского института, и стал работать в Сибирском государственном медуниверситете, где с 1987 год заведует кафедрой патологической анатомии. В 1996 году Владимир Перельмутер стал доктором доктор медицинских наук, в 1998 году получил звание профессора.
Основная сфера научных интересов Владимира Михайловича находится на стыке патологической анатомии и диагностики онкологии. С 2002 года он руководит отделением патологической анатомии и лаборатории иммуногистохимической диагностики опухолей в НИИ онкологии Томского научного центра СО РАН, где организовал одно из первых в России отделений общей и молекулярной патологии. На его базе Владимир Перельмутер создал научную школу по изучению механизмов опухолевой прогрессии и метастазирования.
Владимир Михайлович – автор и соавтор более 180 научных работ и 9 патентов. Под его руководством защищено 11 кандидатских диссертаций.