Агеев был депутатом Томской областной думы IV созыва с 2007 по 2011 год, затем вернулся в бизнес: руководил компанией «Северная группа», которая работала в особой экономической зоне технико-внедренческого типа Томска. Однако компания разорилась, а в 2017 году арбитражным судом Томской области по искам ПАО «Банк Уралсиб» и АО «Юникредит банк» и сам Агеев был признан банкротом. Общий размер требований кредиторов составил 696 млн рублей.
Задержали Сергея Агеева сотрудники силового подразделения регионального УФСБ в Богашеве под Томском. Бизнесмену сообщили, что его подозревают в мошенничестве и незаконном хранении оружия. Кировский районный суд Томска сегодня вынес решение о заключении бизнесмена под стражу на два месяца.