Все это время следствием занимались следователи СУ СК РФ Томской области по особо важным делам. По версии следствия Игорь Митрофанов, в период с мая 2011 года по апрель 2014 года, в г. Томске, получил от бизнесмена Андрея Кривошеина взятку в особо крупном размере частями. В частности, Кривошеин продал жене и сыну генерала, а также его знакомому, четыре дорогих иномарки по заниженной стоимости. Скидка составила более чем 2 миллионов рублей, что считается особо крупным размером. Автомобили предоставлялись коммерсантом, за общее покровительство генерала и попустительство по службе, а также незаконные действия и бездействие. До самого недавнего времени Андрей Кривошеин сохранял дружеские отношения с самим Игорем Митрофановым, его сыном Тимофеем, и супругой полицейского, которым делал дорогие «подарки». Взамен на эти услуги генерал не занимался расследованием деятельности Кривошеина, которого сейчас подозревают в обналичивании огромных сумм денег, то есть незаконных банковских операциях на миллиарды рублей.
Второй эпизод откровенно странный, если не сказать больше. Как считают следователи, в период с августа 2014 года по 2016 год, в г. Томске, Игорь Митрофанов не стал проводить проверку информации о незаконных действиях своего подчиненного, ныне уже бывшего руководителя УЭБ и ПК УМВД Константина Савченко. Якобы он вымогал взятку у всё того же бизнесмена Андрея Кривошеина. Располагая сведениями о возможной незаконной банковской деятельности коммерсанта, он начал угрожать ему проверками, требуя для себя дорогую квартиру и машину. Это и повлекло существенное нарушение охраняемых законом интересов общества и государства. Правда, на процессе над самим полковником полиции, Константином Савченко, когда его судили за вымогательство взятки с предпринимателя, этот эпизод никаких подтверждений не нашел. Да и сам Кривошеин, пожаловавшийся Митрофанову на Савченко, позже насмерть разругался с руководителем томской полиции, и стал писать заявления уже на него самого. К тому же, как выяснилось, именно по жалобе Андрея Кривошеина глава УМВД области и упек Савченко в колонию, дав ход делу. Иными словами проверка все же была…
И наконец, последнее, это мошенничество с пенсией. В марте 2017 года, генерал-майор полиции Игорь Митрофанов предоставил в УМВД России по Томской области заведомо ложные сведения о своем проживании на территории района, приравненного к районам Крайнего Севера. В результате чего в период с 28 марта 2017 по 12 апреля 2018 ему была начислена пенсия с размером переплаты около 200 тысяч рублей. Этот эпизод среди всех является самым доказанным, не исключено, что именно по нему генерала и осудят.
В ходе следствия генерал-майор полиции виновным себя не признал, посчитав жертвой оговора, и намерен добиться своего оправдания в суде. Вот уже почти год Игорь Митрофанов находится под домашним арестом. Расследование дела шло медленно и непросто, его не раз его приостанавливали и меняли следователей. Чем же закончится суд для некогда самого главного томского полицейского, долгие годы державшего «железной рукой» многих представителей бизнеса в Томске, мы скоро увидим.