В февраля 2022 года музей был закрыт в связи с масштабным ремонтом. На сайте музея в начале года появилась информация о том, что при организационной и финансовой поддержке Фонда Памяти, учрежденного Музеем истории ГУЛАГа (г. Москва) начаты ремонтные работы по кардинальному обновлению и расширению площадей и экспозиции.
Томский мемориальный музей истории политических репрессий «Следственная тюрьма НКВД» расположен в подвальном помещении здания, в котором в 1923–1944 гг. находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. Территория, прилегающая к зданию, служила внутренним двором тюрьмы, где в настоящее время расположен Сквер Памяти.
